Desde meados do século XVI, há provas documentais da existência de dois órgãos, o de três foles e o real. Para isto foi construída esta plataforma tão lindamente decorada.
O órgão atual, data de 1859. É um órgão da chamada Cavaillecoll e foi comprado em Paris por mediação da casa de Petit.
Entrando pela porta principal vêem-se duas colunas segurando o coro. O perfil do coro de estilo plateresco ao que corresponde também toda a decoração da portada principal.
